Tuyến trẻ (settore giovanile) của Milan bao gồm nhiều đội bóng ở các lứa tuổi trẻ thi đấu cho các giải Primavera (U-20 hạng nhất), Campionato Berretti (U-20 hạng C), Allievi Nazionali và Allievi Regionali (U-16), Giovanissimi Nazionali, Giovanissimi Regionali và hạng C (U-15), Esordienti (thiếu niên) và Pulcini (thiếu nhi). Milan còn có 5 trường dạy bóng đá (Scuole Calcio) tại Milano và nhiều cơ sở hợp tác đào tạo bóng đá trẻ khác.[81] Tất cả các đội trẻ của Milan đều tập luyện tại trung tâm thể thao Vismara thuộc khu Gratosoglio của Milano, duy nhất đội Primavera được tập luyện cùng đội hình 1 của Milan tại trung tâm thể thao Milanello.[82]

Theo một nghiên cứu do FIGC tiến hành trên 6 cường quốc bóng đá chính ở châu Âu là Pháp, Đức, Anh, Ý, Hà Lan và Tây Ban Nha thì Milan là câu lạc bộ đứng thứ hai ở Ý (sau Atalanta) và đứng thứ 7 ở châu Âu về số lượng cầu thủ ở đội 1 tự đào tạo từ tuyến trẻ.[83] Bất chấp thực tế này cùng việc có nhiều ngôi sao của A.C. Milan xuất thân từ chính lò đào tạo của câu lạc bộ (từ Lodetti tới Baresi rồi Maldini), Milan mới chỉ một lần duy nhất giành chức vô địch Campionato Primavera (Giải vô địch bóng đá trẻ Ý) vào mùa 1964-1965[84] và một Coppa Italia Primavera (Cúp vô địch bóng đá trẻ Ý) vào mùa 1984-1985.[85] Tuy vậy ở một giải đấu quan trọng của bóng đá trẻ châu Âu là Torneo di Viareggio thì đội trẻ Milan đang cùng đội trẻ Fiorentina nắm kỷ lục về số lần vô địch với mỗi đội 8 lần.[86]